W czerwcu 1995 roku, na mocy dekretu ks. Kardynała Franciszka Macharskiego, erygowany został w Krakowie Instytut Jana Pawła II. Dwa lata później, w 1997 r. Instytut znalazł swoją siedzibę w kamienicy przy ul. Kanoniczej 18, którą odwiedził Ojciec Święty i pobłogosławił w czasie swojej pielgrzymki do Ojczyzny. Był to jednocześnie moment formalnego rozpoczęcia pracy Instytutu.

Instytut ma charakter naukowo-badawczy. Jego celem jest wszechstronna troska o całokształt działalności Ojca Świętego Jana Pawła II zmierzająca do pogłębienia znajomości zarówno osoby jak i dzieła Jana Pawła II jako Biskupa, Metropolity Krakowskiego oraz Głowy Kościoła Powszechnego. Jednocześnie Instytut pragnie swoimi działaniami inspirować refleksje teologiczno-filozoficzne o człowieku i świecie w oparciu o naukę Jana Pawła II, a także ukazywać kulturalne i społeczne implikacje tego nauczania oraz współpracować w projektach duszpasterskich odwołujących się do nauki naszego Papieża.

Instytut współpracuje m.in. z Uniwersytetem Papieskim Jana Pawła II w Krakowie, Ośrodkiem Dokumentacji Pontyfikatu Jana Pawła II istniejącym przy Domu Pielgrzyma im. Jana Pawła II w Rzymie oraz z Instytutem Jana Pawła II Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego.

2 stycznia 2006 roku ks. abp Stanisław Dziwisz podpisał statut oraz dekret powołujący do życia Centrum jako kościelną, publiczną osobę prawną podlegą bezpośrednio Metropolicie Krakowskiemu.

W dekrecie powołującym zapisano słowa, że centrum powoływane jest dla "upamiętnienia wielkiego dziedzictwa osoby i pontyfikatu sługi Bożego papieża Jana Pawła II" oraz po to aby "jego przykład i słowo zostały przekazane następnym pokoleniom".

Nazwa Centrum - "Nie lękajcie się!" - została użyta w celu nawiązania do pamiętnych słów Ojca Świętego wypowiedzianych w październiku 1978 r. podczas inauguracji pontyfikatu: "Nie lękajcie się. Otwórzcie, otwórzcie na oścież drzwi Chrystusowi! Jego zbawczej władzy. Otwórzcie granice państw, systemów ekonomicznych, systemów politycznych, kierunków cywilizacyjnych. Nie lękajcie się!".

Centrum Jana Pawła II "Nie lękajcie się!" otrzymało osobowość prawną w drodze rozporządzenia Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 27 stycznia 2006 roku (Dz. U. z dnia 8 lutego 2006 r.).